El Ministerio de Turismo, dentro de su organigrama está integrado por las siguientes áreas:
| Dirección General de Proyectos Estratégicos | Planificar, dirigir, coordinar y controlar proyectos estratégicos de turismo desde su formulación, gestión de recursos y puesta en marcha de estos. |
| Unidad de Gestión Territorial Turística | Coordinar, asesorar, documentar y emitir opiniones calificadas sobre su tema de especialización y realizar diversas gestiones estratégicas de acuerdo con la agenda institucional. |
| Unidad de Gobernanza Turística | Desarrollar actividades para el fortalecimiento de la gobernanza turística, articulando la comunicación con todos los actores locales para lograr una adecuada planificación y ejecución de políticas, programas, y proyectos a ejecutar desde el Ministerio de Turismo. |
| Unidad de Ordenamiento Territorial Turístico | Garantizar propuestas estructurales de inversión, uso del territorio, conectividad, gobernanza y poner los recursos de los destinos en función del desarrollo turístico sostenible en los territorios. |
| Unidad de Desarrollo de Infraestructura Turística Pública | Supervisor de obra a todos los procesos constructivos de los proyectos que se ejecutan en la institución, organizando de manera estratégica para lograr los tiempos de ejecución establecidos. |
| Unidad de Ejecución de Proyectos de Inversión Pública Turística | Garantizar que la pre-inversión e inversión en proyectos de infraestructura vaya evolucionando de manera expedita, en todo el ciclo de los proyectos que se realicen desde el MITUR. |
| Dirección de Comunicaciones | Planificar, organizar, dirigir, supervisar y administrar las actividades de comunicación de la institución tanto interna como externa para generar y mantener la buena imagen del Ministerio de Turismo. |
| Dirección Jurídica | Proporcionar asesoría legal y apoyar la gestión a los diferentes niveles y dependencias del Ministerio de Turismo, a efecto de contribuir a que los procesos de trabajo se desarrollen cumpliendo las disposiciones establecidas en la normativa y legislación aplicable a la actividad institucional. |
| Dirección de Auditoría Interna | Verificar la efectividad del Sistema de Control Interno del Ministerio, así como de la normativa interna y externa aplicable a los procesos de trabajo; adicionalmente brindar asistencia técnica en materia de control a todas las dependencias de la Institución, para que tomen decisiones. |
| Dirección Financiera Institucional | Lograr eficiencia en la gestión financiera institucional a través del desarrollo de todas las actividades relacionadas a dirigir, coordinar, integrar y supervisar las actividades del presupuesto, tesorería y contabilidad gubernamental, de acuerdo a lo dispuesto en la Ley Orgánica de Administración Financiera del Estado. |
| Dirección de Adquisiciones y Contrataciones Institucional | Planificar, coordinar y controlar todas las actividades relacionadas con la ejecución del Plan Anual de Compras de la Institución, realizando oportunamente las actividades para la adquisición y contratación de obras, bienes y servicios, cumpliendo con el marco legal vigente. |
| Unidad Ambiental | Realizar análisis y verificar los impactos ambientales propios o provenientes de cualquier actividad relacionada con el desarrollo turístico del país que implemente el Ministerio de Turismo, de acuerdo con la Ley y Política Nacional de Medio Ambiente. |
| Unidad de Acceso a la Información Pública | Administrar, gestionar y facilitar los servicios de recepción, atención al público y correspondencia, relacionada al acceso a la información pública. |
| Unidad de Género | Planificar, organizar, dirigir y controlar las estrategias operativas y acciones necesarias para lograr la transversalidad del principio de igualdad y no discriminación en las intervenciones de la institución. |
| Dirección Administrativa | Proporcionar apoyo logístico y administrativo a las dependencias de MITUR, otorgando de manera oportuna los bienes y servicios internos y externos. |
| Unidad de Talento Humano | Planificar, organizar, dirigir y controlar los procesos y actividades de la administración de los recursos humanos de la institución, fomentar el desarrollo permanente del personal de la institución. |
| Unidad de Informática | Asesorar, planificar, y proporcionar el soporte técnico necesario para respaldar el desarrollo de los sistemas informáticos y administrativos del Ministerio. |
| Unidad de Gestión Documental y Archivo | Organización, conservación, catalogación y administración de documentación de toda la institución. |
| Dirección de Planificación y Política Sectorial | Planificar a nivel estratégico la organización institucional, así como realizar la coordinación a alto nivel con las instituciones nacionales, regionales e internacionales. |
| Dirección de Relaciones Internacionales | Responsable de la relación del Ministerio de Turismo con organismos multilaterales de cooperación internacional, donantes extranjeros, Ministerio de Relaciones Exteriores de El Salvador y demás instituciones de índole internacional con las que esta Cartera de Estado esté asociada. |
